Skip to content

Podpisy immunologiczne w chłoniaku grudkowym

2 tygodnie ago

502 words

Ostatni artykuł Dave a i in. (Wydanie 18 listopada) jest ważnym badaniem korelującym ekspresję genów z przeżyciem w chłoniaku grudkowym. Moi koledzy i ja ponownie przeanalizowaliśmy ich ustalenia.
Analiza przy użyciu standardowych narzędzi, takich jak Analiza Istotności Mikromacierzy (SAM) sugeruje, że w tych danych jest niewielka lub żadna moc predykcyjna. Z pomocą autorów i po wielu staraniach zrekonstruowaliśmy ich analizę. Dave i in. podzielili losowo swoje dane na zestawy treningowe i testowe o jednakowej wielkości, zastosowali szczegółową instrukcję dopasowania modelu do zestawu treningowego, a na koniec ocenili wydajność modelu w przewidywaniu przeżycia w zestawie testowym.
Ich receptura daje znaczącą wartość P, gdy jest używana w zestawie testowym, ale wynik jest wyjątkowo delikatny. Gdy zestawy treningowe i testowe są zamieniane, a receptura jest stosowana, ich model nie pojawia się. W rzeczywistości nie znaleziono żadnego modelu, który byłby znacząco związany z przeżyciem po zastosowaniu do zestawu testowego. Jako kolejny przykład niestabilności, jeśli dokonamy niewielkich zmian w niektórych rozsądnych, ale arbitralnych wyborach w ich przepisie, nie powstaje nic znaczącego. W związku z tym nasza ponowna analiza rzuca poważne wątpliwości co do powtarzalności ustaleń biologicznych autorów. (Szczegółowe informacje można znaleźć na stronie www-stat.stanford.edu/~tibs/FL/report.)
Robert Tibshirani, Ph.D.
Stanford University, Stanford, CA 94305
[email protected] edu
Odniesienie1. Dave SS, Wright G, Tan B, i in. Przewidywanie przeżycia w chłoniaku grudkowym na podstawie cech molekularnych naciekających nowotwór komórek odpornościowych. N Engl J Med 2004; 351: 2159-2169
Full Text Web of Science MedlineGoogle Scholar
Dave i in. sugerują, że przeżycie w chłoniaku grudkowym koreluje z dwoma sygnaturami genów, które nazwali reakcją odpornościową i odpowiedzią immunologiczną 2. Ponieważ większość genów w tych sygnaturach ulegała silniejszej ekspresji w komórkach CD19-, autorzy wnioskują błędnie, że przeżycie jest oparte na temat cech niezłośliwych komórek w nowotworach. Należy zauważyć, że wiele genów ulegało ekspresji tylko na nieco wyższych poziomach w komórkach CD19-. Szacujemy, że komórki CD19- przyczyniły się do ponad 50 procent matrycowego RNA dla 33 z 43 genów odpowiedzi immunologicznej 1, ale tylko 2 z 24 genów odpowiedzi immunologicznej2. Kiedy każdy podpis był testowany osobno, przeżycie w zestawie testowym korelowało tylko z sygnaturą odpowiedzi odpornościowej 2 (Tibshirani R: komunikacja osobista). Zatem nieuzasadnione jest stwierdzenie, że przeżycie jest skorelowane z cechami w niezłośliwych komórkach, jak twierdzi tytuł.
Wan-Jen Hong, BS
Roger Warnke, MD
Gilbert Chu, MD, Ph.D.
Stanford University School of Medicine, Stanford, CA 94305
[email protected] edu
Odpowiedź
Rysunek 1. Rysunek 1. Wyniki samplowań pół-zestawów i powiązanie ekspresji genów z przeżywalnością. Autorzy odpowiadają: Nic w analizie Tibshirani nie kwestionuje faktu, że odkryliśmy i potwierdziliśmy silny związek między ekspresją genów w chłoniaku grudkowym a całkowitym przeżyciem. Nasza metoda walidacji jest przyjętym standardem dla nadzorowanych analiz danych z mikromacierzy w celu stworzenia predyktora przeżycia.1 Nasz predykator był silnie związany z przeżyciem w niezależnym zestawie testów (P <0,001) Co więcej, losowo wylosowaliśmy połowę naszych przypadków 2000 razy i obliczyliśmy związek naszego modelu z przeżyciem w każdym pół-zestawie (przy użyciu współczynników modelu uzyskanych z oryginalnego zestawu treningowego). Mediana wartości P dla tych próbek wyniosła mniej niż 0,001, a żadna z połówek próbkowania naszych danych nie przekroczyła wartości 0,011 (rysunek 1).
Nasz prognostyk nie mógł zostać odkryty przy użyciu metody SAM, która opiera się wyłącznie na jednozwiązkowych skojarzeniach z przetrwaniem. Przeciwnie, nasz predykator czerpie swoją siłę ze synergistycznej kombinacji dwóch sygnatur ekspresji genów w modelu wielowymiarowym. Tibshirani myli zdolność naszej metody do odkrywania związku przetrwania z faktem, że znaleźliśmy takiego, który potwierdził związek. Kiedy wymienił zestaw treningowy na zestaw testowy, nie był w stanie ponownie odkryć naszego prognostyku ekspresji genów, ponieważ niektóre geny w naszym predyktorze spadły poniżej progu wartości P dla skojarzenia z przeżyciem w zestawie testowym. Nie neguje to faktu, że nasz model jest ściśle związany z przetrwaniem w zestawie testowym.
Hong i in. popełniłem trzy błędy. Po pierwsze, w naszych uporządkowanych subpopulacjach frakcja CD19- zawierała średnio 12,6 procent zanieczyszczenia komórkami chłoniaka grudkowego, a nie 25 procent, jak twierdzą. Aby uwierzyć, że wyższa ekspresja sygnatur odpowiedzi immunologicznej w frakcji CD19- wynika z tego, że 12,6 procentowe zanieczyszczenie wymaga, aby komórki chłoniaka we frakcji CD19 miały ekspresję sygnatur odpowiedzi immunologicznej, która była ponad osiem razy większa niż jak w ich odpowiednikach we frakcji CD19 +. Po drugie, Hong i in. niepoprawnie dyskontuje sygnaturę odpowiedzi odpornościowej 1, która znacząco przyczynia się do modelu przeżycia w zestawie testowym (P <0,001). Po trzecie, wiele genów sygnatury odporności immunologicznej jest selektywnie eksprymowanych w komórkach T, monocytach lub komórkach dendrytycznych, lub w więcej niż jednym z nich, ale nie w komórkach B, co powoduje, że rywalizacja Hong i in. jeszcze bardziej nieprawdopodobne.
Louis M. Staudt, MD, Ph.D.
George Wright, Ph.D.
Sandeep Dave, MD
National Cancer Institute, Bethesda, MD 20892
[email protected] nih.gov
Odniesienie1. Ransohoff DF. Reguły dowodowe na odkrycie i walidację markerów molekularnych raka. Nat Rev Cancer 2004; 4: 309-314
Crossref Web of Science MedlineGoogle Scholar
(19)
[hasła pokrewne: profilaktyka przeciwzakrzepowa wytyczne, grecki nos, złamanie nosa objawy ]
[patrz też: kamica trzustkowa, kolka trzustkowa, gastrojejunostomia ]